التشريح وعلم وظائف الأعضاء
كان لابن النفيس فضلاً كبيرًا في تقدم علم التشريح وعلم وظائف الأعضاء، ولكن من غير المؤكد إنه توصل إلى ما توصل إليه عن طريق تشريح الإنسان، لاستنكاف ابن النفيس ممارسة التشريح لتعارضه مع الشريعة وشفقته على أجساد البشر.
يعتقد أن الأطباء الإغريق قد عرفوا مسارات الدم في أجساد البشر. إلا أنه كان هناك تساؤل حول كيفية تدفق الدم من البطين الأيمن للقلب إلى البطين الأيسر، قبل أن يتم ضخ الدم إلى باقي الجسم. وقد ذكر جالينوس في القرن الثاني الميلادي، أن الدم يصل إلى البطين الأيسر عبر مسارات غير مرئية في الحاجز البطيني. وفي القرن الثالث عشر الميلادي، اعتبر ابن النفيس أن فرضية جالينوس تلك خاطئة، بعد أن اكتشف أن الحاجز البطيني لا يمكن اختراقها، وليس به أي نوع من المقاطع غير المرئية، مما يفند افتراض جالينوس. بدلاً عن ذلك، اكتشف ابن النفيس أن انتقال الدم من البطين الأيمن إلى البطين الأيسر يتم عن طريق الرئتين، وهو ما عرف باسم الدورة الدموية الصغرى. غير أن كتاباته عن هذا الاكتشاف لم تكتشف إلا في القرن العشرين،وكان ويليام هارفي قد اكتشف تلك النظرية بصورة مستقلة بعد ابن النفيس بقرون.
كما وصف ابن أبي الأشعث وظائف المعدة على أسد حي، في كتابه الغادي والمغتدي. حيث كتب :
عندما يدخل الطعام المعدة، خاصة عندما تكون ممتلئة، تتسع المعدة وتتمدد طبقاتها... الناظر للمعدة يراها صغيرة إلى حد ما، لذا فقد شرعت في صب إبريق بعد إبريق في فمها... الطبقة الداخلية للمعدة المنتفخة أصبح ناعمة كطبقة الغشاء البريتوني الخارجية. ثم قطعت المعدة وسمحت للماء بالخروج، فتقلصت المعدة، حتى رأيت فمها
دوّن ابن أبي الأشعث ملاحظاته تلك عام 959، وبعد نحو 900 عام، أعاد وليم بومونت وصف تلك الوظائف، مما يجعل ابن أبي الأشعث رائدًا في علم وظائف الأعضاء التجاربي.
ذكر جالينوس في كتابه De ossibus ad tirones، أن الفك السفلي يتكون من جزأين، وهو ما يمكن إثباته عند طهيه، فإنه ينقسم من عند منتصفه.بينما كان موفق الدين عبد اللطيف البغدادي في زيارة لمصر، صادف العديد من بقايا الهياكل العظمية لأشخاص لقوا حتفهم من الجوع بالقرب من القاهرة.[فحص البغدادي الهياكل، وتوصل إلى أن الفك السفلي يتكون من قطعة واحدة لا قطعتين كما اعتقد جالينوس.كما كتب في كتابه الإفادة والاعتبار في الأمور المشاهدة والحوادث المعاينة بأرض مصر :
ما رأيته في هذا الجزء من الجثث أقنعني أن عظام الفك السفلي قطعة واحدة، بلا فاصل أو رابط. وقد أعدت الفحص مرات عديدة على أكثر من ألفي رأس... وقد ساعدني كثيرون بتكرار نفس الفحوصات سواء في غيابي أو تحت عيني...
لسوء الحظ, لم يهتم أحد ممن كتبوا في الطب باكتشاف البغدادي، وربما كان ذلك لأنه دوّن اكتشافه هذا في كتاب عن جغرافيا مصر. وقد يكون سبب تجاهل ذاك الاكتشاف، أنه لم يكن العلماء في ذاك الوقت يتقبلون فكرة تخطئة أفكار المؤلفين القدامى.
