ثبت من مؤلفات الأطباء المسلمين، أنهم لم يكونوا حاذقين في تشخيص الأمراض فقط، واعتمدوا في ذلك على الفحص الفيزيائي للجسد وجس النبض ومراقبة البول، وسؤال المريض عما يشتكي، والتدقيق في لون البشرة، والاطمئنان على الزفير والشهيق.
كما برعوا في فن التفريق بين الأمراض. فعلى سبيل المثال استطاع ابن سينا التفريق بين التهاب السحايا الحاد والثانوي، وبين المغص الكلوي والمعوي، ووصف الرازي بدقة الفارق بين مرضي الجدري والحصبة لتشابه الأطوار الأولى للمرضين، وسجله في كتابه "رسالة في الجدرى والحصبة". كما وصف ابن زهر خراج الحيزوم والتهاب التامور الانسكابي والجاف. كما ربط الأطباء المسلمين بين شكل الأظافر ومرض السل.وينسب لابن سينا توصّله إلى احتمالية انتقال الأمراض عبر الهواء، وآرائه الثاقبة حول نسبة بعض الأمراض إلى الظروف النفسية، وتوصيته باستخدام الملقط في الولادات المعقدة بسبب الضائقة الجنينية، وتمييزه بين شلل العصب الوجهي الناجم عن مرض في المخ والناجم عن سبب موضعي،. ووصفه لعدوى ديدان غينيا والتهاب العصب الثالث.
وصف المسلمون أيضًا علاج لليرقان والهواء الأصفر، واستعملوا الأفيون بمقادير مختلفة لعلاج الجنون. كما وصفوا صب الماء البارد لإيقاف النزيف، وعالجوا خلع الكتف بردّه فجائيًا. وأرجعوا سبب مرض البواسير إلى قبض المعدة، ونصحوا بتناول المأكولات النباتية علاجًا لها.
وقد اكتشف ابن سينا مرض الإنكلستوما وكتب عنها في الباب الخاص بالديدان المعوية في كتابه القانون في الطب، واسماها بالدودة المستديرة. كما وصف داء الفيل وكيفية انتشاره في الجسم، ومرض النار الفارسية. وقد اكتشف ابن ربن الطبري الحشرة المسببة لداء الجرب ووصفها في كتابه "المعالجة الأبقراطية". كما كان الزهراوي أول من يصف الحمل المنتبذ، إضافة إلى وصفه للطبيعة الوراثية لمرض الناعور.
كما اهتموا بالعلاج النفسي، فقد قسّم الرازي علم المعالجة إلى قسمين : العلاج البدني والعلاج الروحاني. يختص العلاج البدني بالأمراض العضوية بينما يهتم العلاج الروحاني بالنفس ذاتها. واعتقد بأنه لكي يفهم الطبيب طبيعة الجسد، فإنه في حاجة لأن يكون على دراية بالمعرفة الطبية والروحانية للجسد.
